ซัน และ มายุ คือเด็กสาวนักเรียนสองคนที่ใช้ชีวิตอยู่ในจังหวัดโอกินาวา ในช่วงเดือนสุดท้ายก่อนที่สงครามแปซิฟิกจะรูดม่านปิดฉากลง พวกเธอและเพื่อนร่วมชั้นถูกเกณฑ์ไปช่วยภารกิจในสงครามในฐานะพยาบาลเพื่อดูแลทหารที่ได้รับบาดเจ็บ ทว่าเมื่อสถานการณ์เลวร้ายลงจนถึงขั้นได้รับคำสั่งให้ ยอมสละชีพเพื่อชาติ สมาชิกที่เหลืออยู่ในกลุ่มจึงตัดสินใจพากันหนีออกมา เพียงเพื่อจะพบว่าเกาะสวรรค์เขตร้อนที่พวกเธอเคยรู้จัก ได้แปรเปลี่ยนสภาพกลายเป็นสมรภูมินรกที่แสนโหดร้ายไปเสียแล้ว

Episode ONE เดอะมูฟวี่ภาคพิเศษที่สร้างขึ้นเพื่อฉลองครบรอบ 20 ปี การ์ตูนยอดนักสืบจิ๋วโคนัน ที่จะพาแฟนๆ ย้อนกลับไปเจาะลึกเหตุการณ์ และยาพิษปริศนาขององค์กรชุดดำ ที่ทำให้คุโด้ ชินอิจิ นักสืบม.ปลาย ต้องกลายเป็น เอโดงาวะ โคนัน นักสืบประถมรุ่นจิ๋วอีกครั้ง

เนื้อหาในฉบับภาพยนตร์จะเล่าถึงช่วงที่ "คิซารางิ" เรือรบสาวในชั้นประจัญบานได้จมหายไปในตอนที่ 3 ของภาคทีวีซีรีส์ ทำให้กองเรือ Mikawa Fleet ได้ทำภารกิจเข้าช่วยเหลือจนสามารถพาเธอจากสมรภูมิกลางทะเลจนกลับมาได้ แต่ตัวของคิซารางิกลับไม่สามารถจำจดใครได้สักคนเว้นแต่เพียงแค่ "มุทสึกิ" เพื่อนสนิทของเธอเองเท่านั้น...

รัน ไฮบาระ และโคนัน ชวนกันไปอาบน้ำที่โรงอาบน้ำสาธารณะ ซึ่งในโรงอาบน้ำโคนันได้พบกับนักฆ่าระดับตำนาน ด้วยความสงสัยโคนันจึงพยายามเข้าใกล้คนร้ายแต่กลับลื่นล้มหัวฟาดพื้นสลบไป นักฆ่าเห็นท่าไม่ดีและคิดว่าโคนันต้องระแคะระคายอะไรสักอย่างแน่ ๆ จึงนำตัวโคนันออกมาจากโรงอาบน้ำ ระหว่างทางเมื่อโคนันฟื้นขึ้นมา เขากลับไม่เหลือความทรงจำใด ๆ เลย

เคนตะ เด็กหนุ่มผู้มุ่งมั่นจะเป็นโปเกมอนมาสเตอร์ ได้พบกับมารินะ เพื่อนสมัยเด็กของเขาที่ศูนย์โปเกมอน ทั้งคู่ต้องการดูว่าฝีมือของกันและกันพัฒนาไปแค่ไหนแล้ว แต่การต่อสู้ของพวกเขากลับถูกขัดจังหวะด้วยพายุฟ้าคะนอง และการปรากฏตัวของบาโชและบุซอน สมาชิกทีมร็อกเก็ตที่ใช้ระบบคริสตัล ซึ่งมีความสามารถในการดึงดูดโปเกมอนไฟฟ้า เป้าหมายของทั้งสองคือการจับโปเกมอนกลับไปให้ซาคากิ ภายใต้การชี้นำของศาสตราจารย์ชิรานุอิ เคนตะและมารินะบังเอิญล่วงรู้แผนการนี้เข้า และพยายามหยุดยั้งมัน ทว่าเรื่องกลับยิ่งซับซ้อนขึ้นเมื่อโปเกมอนในตำนานอย่างไรโคถูกจับตัวไป

ซาโบเยี่ยมชมหลุมศพซึ่งเขานึกถึงวัยเด็กของเขากับลูฟี่และเอซน้องชายของเขา หลังจากย้อนอดีต ซาโบเดินทางไปยังอาณาจักรเดรสโรซาและพบกับสมาชิกคนหนึ่งของกองทัพปฏิวัติเพื่อหารือเกี่ยวกับภารกิจต่อไปของพวกเขา ลูฟี่และพรรคพวกก็อยู่บนเกาะนี้โดยไม่รู้ว่าซาโบะกำลังค้นหาเพื่อทำลายโรงงานผลปีศาจเทียม

เมื่อ ชินอิจิ ได้มีโอกาสออกทริปทัศนศึกษาที่ "รัน" เฝ้ารอมานาน พร้อมกับเพื่อน ๆ ที่เมืองเกียวโต และได้พบกับ "คุราจิ เคโกะ" นักแสดงภาพยนตร์ ซึ่งเป็นเพื่อนกับแม่ของชินอิจิเอง ซึ่งเธอก็ได้ขอร้องให้ ชินอิจิ ช่วยไขรหัสลับที่ถูกส่งมาให้กับเพื่อน ๆ ในกองถ่ายภาพยนตร์ เรื่อง "ชูร่าเท็งงูสีแดง" จากนั้น เหล่าผู้เกี่ยวข้องกับภาพยนตร์ก็โดนเท็งงูเล่นงานไปทีละคน จน ชินอิจิ ต้องร่วมมือกับ เฮย์จิ เพื่อสืบสวนเรื่องนี้ด้วยกัน ขณะที่เรื่องราวความรักและหัวใจระหว่าง ชินอิจิ กับ รัน ก็เต็มไปด้วยสีแดงให้ได้ลุ้นสุดฟิน

เมื่อต้องเลือกระหว่างแอปเปิ้ลทองและแอปเปิ้ลแดงที่แปลงเป็นเงินแล้วมีมูลค่าต่างกันลิบลับ ความโลภจะทำให้พวกเขาห้ำหั่นกัน หรือเลือกที่จะทิ้งความโลภแต่หันมาเชื่อใจกันแทน บทสรุปสุดท้ายจะเป็นเช่นไร เมื่อเงินมากองอยู่ตรงหน้า

เด็ก 6 คนซึ่งเป็นเพื่อนเล่นกันมาแต่เล็ก และมีจินตะ ยะโดะมิ หรือจินตัง เป็นหัวหน้านั้น แยกย้ายกันไปคนละทิศละทางหลังจากเมโกะ ฮมมะ หรือเม็มมะ สมาชิกคนหนึ่ง ประสบอุบัติเหตุถึงแก่ความตาย 10 ปีให้หลัง จินตังอาศัยอยู่ตามลำพังไม่เข้าสังคม วันหนึ่งในฤดูร้อน ผีเม็มมะซึ่งมีรูปโฉมเจริญเติบโตขึ้นตามวัยได้ปรากฏกายจำเพาะหน้าเขา และร้องขอให้เขาช่วยเธอให้สมความปรารถนาประการหนึ่ง เพราะเธอไม่อาจไปผุดไปเกิดได้จนกว่าจะบรรลุความปรารถนานั้น แต่ปัญหาคือเธอไม่สามารถจดจำได้ว่าปรารถนาอะไร ดังนั้นจินตังจึงประชุมสมาชิกกลุ่มอีกครั้ง เพราะเชื่อว่าพวกเขาเป็นกุญแจไขปริศนาของเม็มมะ อย่างไรก็ดีเด็กเหล่านี้ต้องเผชิญอารมณ์ความรู้สึกมากหลาย ความขัดแย้งภายในกลุ่ม ตลอดจนความแค้นเคืองที่ยังคุกรุ่นอยู่ในจิตใจของบิดามารดาเม็มมะ และจำต้องฟันฝ่าสิ่งดังกล่าวไปให้จงได้

ทนายความเคนสุเกะ โคมิคาโดะ และมาจิโกะ มายุซุมิ ได้รับคำร้องจากโรงพยาบาลทั่วไป พวกเขาต้องเผชิญหน้ากับทนายความผู้มากประสบการณ์ คาซึมะ คูโจ ซึ่งพยายามเรียกเงินจากโรงพยาบาลทั่วไปด้วยการฟ้องร้องในข้อหาละเลยทางการแพทย์