∀ガンダムII 月光蝶

สหพันธ์โลกเตรียมบุกไปถล่มนครรัฐซีออนถึงถิ่น ส่วนนักบินผู้เจนศึกอย่างอามุโร่ เรย์ได้เดินทางกลับขึ้นไปในอวกาศเพื่อร่วมสมรภูมิสุดท้าย

หลังจากเหตุการณ์ในซีรีส์ทางโทรทัศน์เรื่อง "Gundam Wing" หนึ่งปี สันติภาพได้แพร่กระจายไปทั่ว Earth Sphere และอาณานิคม นักบินกันดั้มพบว่าพวกเขาพยายามสร้างชีวิตใหม่ในยุคใหม่นี้ พวกเขาไม่ต้องการอาวุธสงครามอีกต่อไป พวกเขาจึงส่งกันดั้มของพวกเขาไปยังดวงอาทิตย์เพื่อทำลาย แต่ทันใดนั้น เรเลน่า ดาร์เลียน ซึ่งกลายเป็นเจ้าหน้าที่ระดับสูงของรัฐบาล ถูกลักพาตัวโดยอาณานิคมที่มีความทะเยอทะยานที่จะครอบครองอำนาจทั้งหมด นักบินกันดั้มและพันธมิตรของพวกเขาพบว่าพวกเขาถูกเรียกให้กลับมาปฏิบัติภารกิจอีกครั้ง เพลง Endless Waltz ได้กลับมาเริ่มต้นอีกครั้ง...

ศตวรรษแห่งจักรวาล 0068, ด้านที่ 3 - สาธารณรัฐปกครองตนเองมุนโซ ซีออน ซุม เดอิคุน พยายามประกาศอิสรภาพอย่างสมบูรณ์ของมุนโซจากรัฐบาลสหพันธ์โลก ในขณะที่เขาเทศนาเกี่ยวกับศักยภาพในการวิวัฒนาการของมนุษย์ที่ก้าวไปสู่อวกาศภายนอก อย่างไรก็ตาม เดอิคุนก็ตกลงมาเสียชีวิตอย่างกะทันหันระหว่างที่เขากำลังกล่าวสุนทรพจน์ที่รัฐสภา เมื่อเดอิคุนเสียชีวิต จิมบา ราลก็เผยแพร่ข่าวการสมคบคิดของตระกูลซาบิ แต่แม้จะมีความพยายามดังกล่าว อำนาจและขอบเขตอิทธิพลของตระกูลซาบิ ซึ่งนำโดยเดกวิน โซโด ซาบิ ก็ดูเหมือนจะทวีความรุนแรงขึ้นเท่านั้น ในขณะที่เราได้เห็นความปั่นป่วนที่ไม่เคยเล่ามาก่อนในประวัติศาสตร์ของศตวรรษแห่งจักรวาลเป็นครั้งแรก แคสวัลและอาร์เทเซีย ซึ่งเพิ่งสูญเสียพ่อไป ต้องเผชิญกับชะตากรรมที่วุ่นวายเช่นเดียวกับยุคนั้นเอง

สิบสามปีหลังสงครามปะทุ อามุโร่ เรย์ ผู้บังคับนิวกันดั้มและกองทัพสหพันธ์โลกต้องก้าวลงสู่สมรภูมิอีกครั้ง เมื่อกองทัพนีโอซีออน กลายมาเป็นภัยต่อความสงบสุข

โมบิลสูทกันดั้มที่บังคับโดยนักบินพลเรือนอย่างอามุโร่ เรย์กลายมาเป็นความหวังเดียวของกองทัพสหพันธ์โลกที่จะต่อกรกับรัฐซีออน

โมโตโกะ คุซานางิ ทหารรับจ้างไซเบอร์เนติกส์ กลับมายังเซ็คชั่น 9 ในปี 2045 เพื่อต่อกรกับภัยคุกคามอุบัติใหม่ที่มาในคราบของพวกเหนือมนุษย์

U.C. 0123 หลังจากผ่านยุคแห่งสันติภาพมาหนึ่งชั่วอายุคน สหพันธ์โลกได้เริ่มสร้างอาณานิคมในอวกาศแห่งใหม่เพื่อรองรับประชากรมนุษย์ที่เพิ่มขึ้น แต่กองกำลังใหม่ ครอสโบนแวนการ์ด ผู้มีฐานะดี วางแผนที่จะยึดครองอาณานิคมของฝั่งชายแดนที่เพิ่งสร้างขึ้นใหม่เป็นของตนเอง เมื่อบ้านของพวกเขาได้กลายเป็นสนามรบ พลเรือนหนุ่มสาวจำนวนหนึ่งต้องดิ้นรนเพื่อหนีจากความขัดแย้ง เพื่อช่วยชีวิตเพื่อนและครอบครัว นักรบที่ไม่เต็มใจอย่างซีบุ๊ค อาร์โน จึงกลายมาเป็นนักบินของกันดั้มรุ่นใหม่ที่ใช้ชื่อรหัสว่า F91

ยานรบไวท์เบสแห่งสหพันธ์โลกและนักบินกันดั้ม อามุโร่ เรย์เจอศึกหนักเมื่อต้องหาทางข้ามแดนศัตรูโดยมีนักรบซีออนตามไล่ล่า