アイ・シティ

ภายในเมืองอันกว้างใหญ่ที่สร้างเลียนแบบตัวเองขึ้นมาและต้องการกำจัดทุกชีวิต คิลลี่ผู้ลึกลับและโดดเดี่ยวปรากฏตัวขึ้นเพื่อนำทางมนุษยชาติที่เหลือไปสู่หนทางรอด

โนบิตะและชิซุกะถ่ายหนังแล้วไปพบกับมนุษย์ต่างดาวตัวจิ๋ว

In the city of Oedo 2808a.d., three Cyber criminals are given two choices, to either rot in jail or to join a special force of the Cyber Police to get possibly one more chance at freedom ever again. For each criminal apprehended, and for each successful mission done, the state will agree to reduce their sentences. Lead by Hasegawa, the new recruits: Sengoku, Gogul, and Benton will bring some hard justice to Oedo and possibly taste freedom again.

กลุ่มซูเปอร์ฮีโร่ฝึกหัดได้รับแรงบันดาลใจให้ฮึกเหิม ต่อสู้กับตระกูลอาชญากรโกลลินี และผู้นำชื่อดาร์กไมท์ ที่ตั้งตนเป็นผู้กอบกู้ญี่ปุ่นคนใหม่

อยู่มาวันหนึ่ง โนบิตะได้พบเจอกับ ยานอวกาศขนาดเล็กเข้าโดยบังเอิญ และภายในยานนั้น ได้เจอกับมนุษย์ต่างดาวขนาดจิ๋วชื่อว่า ปาปิ ซึ่งได้หลบหนีกองทัพ PCIA มาจากดาวพิริกาของเขา โดราเอมอนและผองเพื่อนจึงใช้ ไฟฉายย่อส่วน เพื่อให้มีขนาดเท่ากับปาปิ และสร้างมิตรภาพระหว่างเพื่อนกับปาปิได้ แต่แล้วเมื่อมียานอวกาศรูปปลาวาฬไล่ตามปาปิ มายังโลกเพื่อมาจับตัวปาปิ และยังโจมตี โดราเอมอนและเพื่อนๆ ปาปิจึงโทษตัวเองว่าเป็นต้นเหตุของเรื่อง ปาปิจึงลุกขึ้นต่อสู้กับกองทัพ PCIA ด้วยตัวเอง เพื่อปกป้องดาวพิริกา และช่วยเหลือปาปิ โดราเอมอนและเพื่อนๆ จึงรวมพลังเพื่อช่วยเหลือปาปิ สหายตัวจิ๋วของพวกเขาจากเงื้อมมือของกองทัพ PCIA ที่เข้ามารุกราน

โนบิตะ เชื้อเชิญทุกคนเข้าไปในโลกแห่งสมุดภาพ แต่เกิดเหตุไม่คาดฝัน ทำให้ชิสึกะต้องเข้าไปติดหลงอยู่ในใลกแห่งสมุดภาพตามลำพัง พวกโนบิตะหาตัวชิสึกะจนรู้ว่าหายไปในสมุดภาพเรื่องอาหรับราตรี แต่สมุดภาพที่เป็นทางเข้าหาตัวชิสึกะ ก็กลับถูกแม่โนบิตะเผาทิ้งไป ทำให้พวกโดราเอมอนต้องหาวิธีเข้าไปช่วยชิสึกะให้ได้ โดยย้อนไทม์แมชชีนกลับไปยังอาหรับยุคโบราณ เพื่อหารอยเชื่อมต่อระหว่างโลกสมุดภาพกับโลกแห่งความจริง สุดท้ายแล้วพวกโนบิตะจะช่วยชิสึกะ ได้สำเร็จหรือไม่ และ.อุปสรรคที่พวกโนบิตะต้องพบกับมัน คืออะไรกัน.....

อากิโตะ เขาได้ไปพบกับหญิงสาวที่นอนอยู่ในแคปซูลโดยบังเอิญเธอชื่อว่า ทูล่า เธอมาจากโลกในอดีตที่ล้ำสมัย แตกต่างจากโลกในปัจจุบันที่มีแต่ต้นไม้เขียวขจีอยู่ทั่วทุกที่ เมื่อคนจากโลกในอดีตและอนาคตได้เจอกัน จึงกลายเป็นเรื่องราวของการเลือกชะตากรรมของมนุษย์ ว่าจะยอมศิโรราบต่อธรรมชาติหรือจะกลับมายึดครองโลกด้วยเทคโนโลยีอย่างที่เคยเป็นมา

โนบิตะแค้นที่ซึเนะโอะไม่ยอมให้ดูฟอสซิลเล็บไดโนเสาร์แบบชัดๆ จึงไปขอให้โดราเอมอนช่วยแต่ถูกปฏิเสธ ด้วยความไม่ยอมแพ้โนบิตะจึงออกไปขุดหาฟอสซิลเองและได้พบกับไข่ไดโนเสาร์เข้า ด้วยความช่วยเหลือจากโดราเอมอนไข่จึงฟักเป็นไดโนเสาร์ตัวน้อย และถูกเลี้ยงดูโดยโนบิตะ แต่ทว่าเมื่อไดโนเสาร์โตขึ้นมากจนทำให้ไม่สามารถจะเลี้ยงไว้ได้อีก โนบิตะจึงจำต้องส่งไดโนเสาร์กลับไปยังโลกอดีต แต่ทว่าที่ที่พวกเขาส่งเจ้าไดโนเสาร์ไปกลับไม่ใช่แหล่งกำเนิดของมัน โนบิตะและผองเพื่อนจึงพากันย้อนเวลากลับไปช่วยเจ้าไดโนเสาร์ แต่ระหว่างทางกลับเจอกับพวกชุดดำซึ่งต้องการตัวไดโนเสาร์ไปขายโจมตีจนยานไทม์แมชชีนเสีย ด้วยเหตุนี้ พวกโนบิตะจึงต้องออกเดินทางผจญภัยในโลกดึกดำบรรพ์ ต่อสู้กับเหล่าวายร้ายบุรษชุดดำและพยายามหาทางกลับไปประเทศญี่ปุ่นในยุคปัจจุบันให้ได้