宫本武藏 一乘寺之决斗

经过生死考验的新免武藏（三船敏郎 饰）在僧人泽庵（尾上九郎又兵卫 饰）的举荐下侍奉大名，并更名宫本武藏。为了磨练意志和武艺，他离开等待自己的阿通（八千草薰 饰），四处云游挑战强者。 　　一路上打败诸多高手的武藏挑战吉冈拳法道场，适逢馆主清十郎（平田昭彦 饰）外出，内中徒众一一落败，武藏留下挑战书扬长而去。然吉冈徒众怀恨在心，几番设计谋害武藏，皆被破解。而另一方面，武藏却与阔别已久的阿通和朱实（冈田茉莉子 饰）不期而遇，刀光剑影中，武藏对爱情作出了断，也完成了和宿敌佐佐木小次郎（鶴田浩二 饰）的初次相逢……

电影系列里最可怕的敌人雪代缘在本片现身。他对东京发动大规模攻击，意在报复剑心。参与《神剑闯江湖》前几部电影的王牌演员阵容再度聚首，替剑心扛下这最后一战，同时迈向崭新的终极高峰：《The Final》。

时为弘化年间（19世纪40年代），幕府将军德川家庆的异母弟弟——明石藩藩主松平齐昭（菅貫太郎 饰）骄纵跋扈，冷酷无情。虽则如此，齐昭却仕途顺利，即将成为幕府老中。为免苍生受其荼毒，笔头老中土井（丹波哲郎 饰）密令旗本岛田新左卫门（片岡千恵蔵 饰）刺杀齐昭。岛田领命，召集仓永左平太（嵐寛寿郎 饰）、平山九十郎（西村晃 饰）、新六郎（里見浩太朗 饰）等十数人组成刺客部队。不久，齐昭参勤完毕，启程归国。岛田等中伺机而动，明石藩武士鬼头半兵卫（内田良平 饰）则绞尽脑汁，全力护主。宿命之战将在落合驿全面展开……

幕府时代，公仪介错人（为剖腹者斩首的刽子手）拜一刀（若山富三郎 饰）执行上层命令，为年幼的地方领主斩首。归来后梦见妻女被人所杀，心生不祥预感。柳生手下拜访拜一刀，看见堂中为断头者摆放的灵位，遂以谋反罪名密告柳生家族。得悉阴谋的拜一刀手斩来使，带着独子大五郎（富川晶宏 饰）杀出重围。从此浪迹江湖，以赏金杀手为生，人称“带子雄狼”。这一日，拜一刀接到新的任务，小山田藩杉户家老谋划暗杀领主子嗣，得知消息的家老市毛请求拜一刀破坏刺杀计划。拜一刀和大五郎来至峡谷温泉场，等待猎物出现……

柳生烈堂（大木实 饰）的三个儿子在追杀拜一刀父子的过程中接连战死，于是派出手里最后的王牌——善于使用手里剑的女儿香织（瞳顺子 饰）。最终仍难逃落败的命运。愤怒的柳生烈堂找到自己庶出的儿子——土蜘蛛兵卫（木村功 饰）。善于使用土遁术的兵卫虽然憎恨生父，但仍接受任务，率领蜘蛛军团扑向拜一刀父子。沿途帮助过父子二人的普通百姓皆死于土蜘蛛手下，迫使拜一刀不敢乞食和投宿，以消耗其体力。待时机成熟，兵卫与拜一刀展开对决。蜘蛛军团的失手令烈堂陷入狂怒，遂调来全部人马与拜一刀父子在雪山展开决战……

宿命的相逢之后，佐佐木小次郎（鶴田浩二 饰）苦练技艺，一心打败宫本武藏（三船敏郎 饰）。这之后，小次郎来至江户谋求官职，期间与同在江户的武藏邂逅，两人约定东门决斗。然决斗前夜，武藏致信请求将决斗延期一年。次日武藏和城太郎（樱井将纪 饰）、熊五郎（田中春男 饰）旅行来至乡下，师徒三人一面锄地耕作，一面教习农民武艺，抵抗土匪。 　　这期间阿通（八千草薰 饰）和朱实（冈田茉莉子 饰）先后来此寻找武藏，朱实更在匪乱中不幸丧命。一年后，小次郎成为细川家臣，岩流岛将成为他和武藏的命运转折点……

幕末时期，日本面临外国列强入侵的局面，而国内局势动荡不安。刚刚在下任将军选定中胜出的“南纪派”代表井伊直弼（松本幸四郎 饰）入主幕府，担任大老之职，不久便掀起“安政大狱”，打击敌对的“一桥派”领袖及下级武士。以水户浪人星野监物（藤雄之助 饰）为首的32名脱藩武士集结江户，密谋刺杀井伊大老。但井伊并未按预料的那样登城，初次行动失败。副首领住田启二郎（稻叶义男 饰）怀疑内部有人走漏消息，经两位统领排查，最终锁定在尾州浪人新纳鹤千代（三船敏郎 饰）和上州浪人栗原荣之助（小林桂树 饰）身上，他们都和井伊有着千丝万缕的关系…

尾张藩别式女（护卫殿下安全的随身侍女）小雪（东三千 饰）被藩士孤冢元记（岸田森 饰）用妖刀打败，愤而脱藩。尾张藩派出多名刺客追杀，皆死于小雪手下。其中一名被杀刺客的妻子为报夫仇，雇用拜一刀（若山富三郎 饰）刺杀小雪。寻访途中，拜一刀和儿子大五郎（富川晶宏 饰）走散。柳生家族弃将军兵卫（林与一 饰）一度被大五郎错认为父，大五郎锐利的目光引起军兵卫注意，一路跟踪。好战心切的军兵卫挑战拜一刀，却无奈落败。拜一刀追踪小雪来至温泉，尾张刺客孤冢元记亦随后赶到，在拜一刀面前，昔日两个仇家剑拔弩张……